1. 
使用优质微生物肥料。 
低质量的产品，不符合规定规格的有效活菌数，高浓度的杂菌或过期时间不能使用。 
 2. 
最大限度地减少微生物的死亡施肥时的肥料。 
应避免阳光直射。拌种时，应在阴凉处操作。拌种后，应及时种植并立即覆盖土壤。 
一般细菌肥料不应与有害农药或化学肥料混合。 
3.
创造一个合适的土壤环境。 
酸性土壤的施用应在中和土壤酸度后进行。 
当土壤太干时，应及时倒入。 
大雨过后，应及时清除田间的水，以提高土壤的渗透性。 
4. 
根据当地条件促进不同微生物肥料的施用。 
例如，根瘤菌应广泛应用于豆科作物，磷酸盐溶解和溶钾微生物肥料应施用于营养潜力较高的土壤。