1.微生物肥料对土壤条件要求比较严格，施入后需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般15天后才能发挥作用。 
2.微生物肥料适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。 
3.微生物肥料应避免高温干旱条件下施用，并且注意温、湿度的变化。高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。
4.微生物肥料不能长期泡在水中，微生物肥料适合的土壤含水量为50%～70%。
5.微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但应避免与未腐熟的农家肥混用，以防高温杀死微生物，影响肥效。 
6.微生物肥料应避免与农药同时施用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用。 
7.避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供矿质营养养分为主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。 
8.注意微生物肥料的肥效条件。微生物肥料肥效的发挥既受其自身因素的影响，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量因素，又受到外界其他因子的制约，如土壤水分、有机质、pH值等影响，因此微生物肥料从选择到应用都应注意合理性。